Oficialmente nació el 14 de diciembre de 1973 y tiene como función principal el fomento y la difusión de la cultura en México, mediante la promoción de ciclos de conferencias, cursos, diplomados y talleres, la licenciatura en Historia y Arte, maestrías en Humanismo y culturas, en Historia de México y en Arte, así como la realización de conciertos, ediciones, etc.
Fue fundado por el Dr. Pablo de Ballester, obispo perteneciente a la Iglesia ortodoxa griega, quien fuera un expositor y conferencista brillante. El Dr. De Ballester fue muy conocido en México tanto por su labor episcopal (tenía a su cargo la supervisión de la Iglesia ortodoxa en México, Centroamérica y algunos países del Caribe), como por su amplia labor de difusión cultural, siendo un profundo conocedor tanto de la Grecia clásica como de la Grecia actual. Sus actividades se centraron principalmente en la difusión de la cultura griega y helénica, así como en sus manifestaciones en la cultura occidental; por lo cual el Instituto se denominó Helénico.
Su patrimonio arquitectónico y artístico ha condicionado y facultado en gran medida el cumplimiento de los objetivos del Instituto. Se trata de un conjunto formado por una Capilla, un gran salón o estancia y el Claustro –o elementos de éste- en dos niveles, que se ha convertido en un lugar único, donde la historia, el arte y la cultura encuentran un afortunado espacio para confluir. El magnate del periodismo estadounidense William Randolph Hearst, quien fue conocido por el coleccionismo de arte al que se entregó compulsivamente, compró varios monasterios que envió piedra por piedra a su país natal. El declive de su imperio supuso la venta de muchas de estas piezas.
Adquirió la Capilla Gótica en la década de los 20, del siglo XX, probablemente en la provincia de Ávila, España sin embargo, las piedras quedaron almacenadas en una bodega de Nueva York. Se dice que para su transporte, las piedras fueron embaladas en paja. Al llegar a Nueva York, el cargamento fue confiscado ante el temor de que el embalaje pudiera estar contaminado con la fiebre aftosa (en aquella época, muy extendida en España) y puesto en cuarentena; fue inmovilizado 30 meses.
Con la depresión económica de 1929 las piedras se dejaron almacenadas en Nueva York, y se olvidó el proyecto de Mr. Hearst de llevarlo a su rancho californiano. Casi 30 años después, tras la muerte de Hearst, sus herederos lo vendieron.
Mediante un oportuno aviso, el licenciado Nicolás González Jáuregui, empresario y coleccionista de arte mexicano tuvo conocimiento de este valiosísimo tesoro y, previo pago del almacenamiento de varios años como único gasto, lo adquirió y lo transportó a México donde lo armó en el año 1954, con un criterio de adaptación y bajo la supervisión de excelentes arquitectos mexicanos.
La construcción en realidad está formada por tres cuerpos:
Estos cuerpos pertenecen a dos o tres construcciones españolas diferentes y los arquitectos mexicanos consiguieron reensamblar las piezas en una sola, logrando una sorprendente uniformidad. El licenciado González Jáuregui añadió a lo anterior una colección de estatuas de piedra de los siglos XII a XIV, originarias en su mayor parte del sur de Francia, pinturas atribuidas a maestros como Tintoretto, Tiziano, Bellini y Murillo; artesonados españoles e italianos; vitrales franceses y españoles; gobelinos flamencos y franceses. El 12 de junio de 1979 el Gobierno Federal, por decreto, donó el inmueble al Instituto Cultural Helénico, quien hasta la fecha ha cumplido con su labor de difusión de la cultura. El Instituto cuenta con un amplio patrimonio artístico y arquitectónico distribuido en diversas áreas de sus instalaciones tales como: Capilla, Claustro, Oratorio, Salón de las Madonas, Aula Magna, Vestíbulo y la escalera principal.